Природните особености на Пирин са от най-разнообразен характер,което до голяма степен се дължи на различната надморска височина. В тази връзка трябва да се каже, че климатът също е разнообразен, което се дължи на експозицията на склоновете и на повърхнината с подстилащ характер. Умереноконтиненталният характер на климата е силно изразен на север, където се намира Разложката котловина. Средната стойност на температурите през месец януари, считан от мнозина за най-студен през зимата, достига до два градуса под нулата. Що се отнася пък до количеството валежи, те не надвишават 650 – 700 милиметра. Всъщност максимумът дъждове е през ноември, а вторичната дъждовна вълна е в края на пролетта и началото на лятото, тоест през месец юни. Преходносредиземноморски черти на климата се долавят в други части на планината, на юг. Там се намира котловина, не по-малко известна от разложката, а именно – гоцеделчевската. Значителна разлика има в температурните показатели – през януари тя е нула градуса, а иначе средните стойности са около 11.
Като изключително водна планина може да бъде определен Пирин, защото през него текат много и най-различни по големина реки. Струма и Места са двата главни водни басейна, от които водят началото си по-малки такива. Като къси, пълноводни и буйни могат да се определят повечето от тези басейни, което обаче е напълно достатъчно да се създадат отлични условия за туризъм в планината. Наклонът на реките пък води до образуването на множество падове и водопади, като има и някои по-известни в сравнение с други. Влахинският и Попинолъшкият водопади оглавяват тази класация, вторият достига 15 метра, но също така трябва да споменем и Скоко. Демянишки и Юленски скок са не по-малко атрактивни, като техните показатели са съответно 11 и 9 метра. По цялото пиринско било минава основен вододел, който пак е пряко свързан с вече споменатите големи реки Струма и Места. Снежно – дъждовният режим е характерен за повечето пирински реки, а пролетният максимум навсякъде в тях е силно изразен. Сред по-важните вливащи се в Места реки на първо място е Изток, която тече през разложкото поле и е място, където се вливат Глазне и Бяла река.
Добринишка река и Ретиже също се вливат в Места, като като притокът на Добринишка река се нарича Дисилица и минава през едноименния град Добринище. Ретиже пък изтича от Поповото езеро, а веднага след тях следват добре познатите водни формирования Безбожка, Каменица и Брежница, които представляват малки реки. Но ако трябва да се направи обективен анализ на водните басейни в Пирин, водещо място заемат езерата. Те са едно от най-големите богатства на планината, иначе общият им брой достига 186. Разположени в големи и малки циркуси, езерата до едно имат ледников произход. Следователно езерата са дълбоки и бистри и несъмнено много студени, като най-голямото Пиринско езеро е Поповото езеро. То се нарежда на четвърто място по големина след Смрадливото, Долното рибно и Близнака. Тези три езера пък се намират на територията на Рила. След Окото, пак в Рила, Поповото е на второ място по дълбочина, но пиринската планина води класацията за най-високо езеро – Горно Полежанско, което е 2710 метра.
